第１話 「立於大地上的 高達 鋼彈」

人類移民宇宙已歷經半個世紀以上。宇宙世紀0079年，自命為 「自護 吉翁公國」 的第三區 (Side) 對地球聯邦政府發起獨立戰爭。由於採用新型兵器MS， 使自護公國的戰力比原來想像的更來得堅強。戰局陷入膠著狀態， 聯邦軍積極開發MS及新型母艦……

阿寶 阿姆羅 是位住在宇宙殖民地的第七區(Side) 裡，喜好機械的平凡少年。 因為聯邦軍在第七區從事的新型MS開發工作， 被自護軍的馬沙 夏亞少校發現， 便派遺一支偵察的渣古 薩克部隊深入其地。 由於偵察部隊開始大肆攻擊，使得 殖民衛星 可羅尼 頓時成為戰場。阿寶在一個偶然的機會下，拿到了聯邦軍有關新型MS 高達 鋼彈的資料； 並乘著高達，出戰渣古……

第２話 「破壞 高達 鋼彈命令」

高達總算是擊退了渣古 薩克。 但是由於戰災，新型艦「太空母艦白色基地」 的乘員皆失去。如此，唯一殘留的太空母艦乘員 布拉度 布萊特．諾亞 ，便率領包括阿寶 阿姆羅 在內的少年、少女作為乘員，協助多數人民逃離第七區(Side)。

正當太空母艦即將離港起航之時，見習乘員之一的少女 馬西 雪拉．瑪絲 終於在殘骸中與其兄相遇。然而， 其兄卻是自護 吉翁 軍的馬沙 夏亞．阿茲納布爾少校。

「對方只是渣古，我才不怕！」 盡管阿寶如此說道， 但敵人卻輕易的避開了高達的雷射光。

太空母艦剛離開第七區(Side)港口，便遭二架敵人的渣古攻擊。 其中一架是紅色機身，為天才駕駛員「紅彗星」馬沙的愛機。 阿寶立即駕駛高達迎擊。馬沙眼見一架渣古被擊落，竟然全無對策……

第３話 「攻擊敵人的補給艦！」

布拉度 布萊特 預計了巴布亞補給艦將與馬沙 夏亞的乘艦姆塞接觸。 於是決定派遣阿寶 阿姆羅駕駛 高達 鋼彈、 亞里 保政良駕駛 核戰機 核心戰鬥機 攻擊敵人的補給艦。

阿寶對著正在補給中的姆塞，採取背太陽的攪亂戰法， 卻窮於應付於馬沙的渣古的猛烈反擊。正當此刻， 太空母艦 白色基地 趁馬沙不在之機，對巴布亞補給艦予以攻擊。 而巴布亞正處於千鈞一髮之際，馬沙為巴布亞掩護再度回航。

慢慢降落至魯那二號基地的巴布亞補給艦，遭早已守候埋伏的 太空坦克 鋼坦克擊沈。 為此，巴布亞艦長卡堤姆十分震怒，並且矢志復仇。 為復仇行動，出動舊型渣古(MS-05)攻擊高達，但非新型MS高達之敵而戰死。

第４話 「脫離月神２號作戰」

太空母艦 白色基地 停泊於月神２號後，布拉度 布萊特 等人卻因未經許可使用重要機密，被軍司令瓦肯因下令拘留。

此時，馬沙 夏亞潛入月神２號。 在牢禁森嚴的囚牢裡，阿寶 阿姆羅正在為 丹尼 剴•西登等人解說有關高達的新性能。 此時突然發生爆炸，而這是由於馬沙的攻擊行動所引起。 阿寶等人便得以乘機逃回太空母艦。

正準備衝出重圍的太空母艦，卻因為戰艦麥哲倫不小心觸動機雷而阻塞了出口。 另一方面，瓦肯因為了打開出口，不得己以主砲砲轟麥哲倫戰艦，而馬沙也為此一衝擊， 不得不退卻。此時的軍司令瓦肯因亦認同了布拉度等人的實力， 讓太空母艦及全體乘員能再度出發。

第５話 「衝入大氣圈」

和巡洋艦薩拉米斯同行太空母艦 白色基地 衝入了大氣圈，同時面臨馬沙 夏亞率領的三架 渣古 薩克奇襲，迎擊的 高達 鋼彈對於大氣圈的耐熱力卻只有四分鐘。

高達雖然殲滅二架渣古，卻無法順利返回太空母艦，連同遲一步逃離的渣古一同掉入地球。 在渣古迅速燃燒時，陷入絕地的阿寶終於發現了使用隔熱膜的方法， 平安無事地與穿越大氣圈的太空母艦會合。

好不容易來到了地球，原以為可稍作喘息。 不料著陸點卻是自護 吉翁公國的勢力範圍內的「北美大陸」上。 接受馬沙請求的卡曼 卡爾馬．薩比上校， 發動了卡烏攻擊航空母機及德普戰機大隊編隊，攻擊太空母艦。

第６話 「卡曼 卡爾馬出擊」

收容了馬沙 夏亞 的子姆塞的卡烏攻擊母機，其部隊正對太空母艦 白色基地展開鍥而不捨的追擊。 在太空母艦上，巡洋艦薩拉米斯的中尉為請求派遣高達 鋼彈迎戰， 而與耽心阿寶 阿姆羅身體狀況的 布拉度 布萊特 在立場上形成對峙。

面對來勢洶洶的德普部隊。 德仔 小林隼人出動 太空坦克 鋼坦克與之對決。 因為馬傑拉頂端戰車隊及渣古的出現陷入苦戰，阿寶亦出擊援助。 不料首次面臨地球的重力，展開苦戰。高達憑著擾越性能打敗敵人眾多的馬傑拉戰車部隊。

遭遇如此打擊之後的卡曼，退回基地。並與久別的軍官學校時代的好友馬沙重逢。 馬沙誓言協助卡曼。

第７話 「核戰機突圍」

布拉度 布萊特等人為了與聯邦軍取得聯絡， 而利用艦上的能源，引導核戰機 核心戰鬥機駛入彈射軌道離去。

然而，太空母艦 白色基地的用意卻早已被 馬沙 夏亞發覺，並派遣子姆塞襲擊核戰機。 阿寶 阿姆羅雖然擊退了敵軍， 卻因為偏離軌道而告作戰失敗。

同時，太空母艦亦正遭卡曼 卡爾馬的部隊襲擊。急忙返回母艦的阿寶， 於是迅速駕駛著高達 鋼彈，再次出擊！ 於是展開一場激烈的空中戰役。但是因為高達的光束步槍的能源已經使用殆盡， 祇能退於防守的地位。此時欲乘勝追擊的馬沙，聽取卡曼對高達的分析結果。 了解其高性能後的馬沙，決定暫時撤退，以便重新考量作戰計畫。

第８話 「戰場是荒野」

應部分要求下船的難民的請求，布拉度 布萊特向 自護 吉翁軍提議暫時休戰。 為了補給之便卡曼 卡爾馬同意此提案。

攜子避難的難民之一的貝露希雅， 為帶子到夫婿的故鄉聖安傑去定居而離船。被一架 自護 吉翁魯肯偵察機緊追不捨， 最後卻投下救急物資。在祕密出擊中的阿寶 阿姆羅見此情景，遂放下心來。 不料，卻被其中一架魯肯偵察機發現，故阿寶不得不將其擊墜。

休戰期間終了。卡曼部隊與太空母艦再度展開作戰。 卡曼因遭受到高達自後方偷襲而崩潰。

這個時候，貝露希雅正為被迫降落的魯肯飛行員們治療。 從他們口中得知聖安傑已被消滅，足下所及之荒野，即為其殘骸。

第９話 「飛翔吧！高達」

疲於戰爭的阿寶 阿姆羅， 拒絕駕駛高達 鋼彈而自閉於房間裡， 即使遭受卡曼 卡爾馬部隊襲擊也拒絕駕駛高達出擊。 最後卻為了布拉度 布萊特的一句 「我以為你可以超越馬沙 夏亞，真是可惜！」而重新振奮起來。

此時，米迪亞運輸機終於將物資送到。運輸機的隊長名 馬利亞 瑪蒂達．艾吉恩。 她阻止了阿寶乘勝追擊之念。馬利亞即使是身處戰場，仍有股揮之不去不可思議的女性魅力。 作業完畢後，正當馬利亞即將離開之際，對阿寶說道：「阿寶可能是個超能力者喔！」

留給阿寶心中微微觸動的感覺，目送馬利亞乘著米迪亞運輸 機揚長而去。

第１０話 「卡曼 卡爾馬之死」

在紐約市長的宴會上，卡曼 卡爾馬 正與情人伊瑟莉娜．艾森巴哈濃情蜜語不斷。馬沙 夏亞在一旁冷眼旁觀。

另一方面，太空母艦 白色基地決定藏匿於全天候球場之中， 再由高達 鋼彈引誘敵軍至基地正面。 在負責搜索太空母艦的卡曼部隊中，馬沙代卡曼以 渣古 薩克出擊， 也正確地找出了太空母艦的真正藏身地點，卻告知卡曼相反的位置。

太空母艦向背對著的卡曼部隊全力開砲。此時，明白是馬沙背叛的卡曼， 以薩比家族男人的自豪， 作一次光榮的自殺式攻擊……

「自護 吉翁公國，永垂不朽！」

卡曼之死，震驚了整個自護公國。